办公室：负责行政协调、文档密、信息宣传、接待、外事、政务公开、设备管理、科技管理、协会等工作；承办局领导交办的其他事项。

人事政工科：负责人事、政工、纪检、安全保卫、老干、绩效考核等工作。 

财务科:负责编制单位预算决算；组织收入，安排支出；参与单位重要经济决策；参与对外签定经济合同；对单位财务活动进行控制和监督；对所属事企业单位的财务活动进行审计和监督；监督执行单位预算。

法制与稽查科：负责组织协调依法行政、行政许可、行政复议、诉讼、赔偿、行政处罚等工作；负责业务稽查、执法监督、处置“12365”举报、参与地方组织的打击走私打假等工作。  

综合业务科：负责受理报检、计费、审核、签证管理、制证、归档、计算机网络管理、信息化等工作。

卫生检疫监管科：负责口岸出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督等工作。

检验监管科：负责进出口商品检验鉴定和监督管理、非法检进出口工业品监督抽查等工作。

认证监管科：负责认证监管、许可证、强制性认证、卫生注册等工作。

快件查验监管科：负责快件查验监管和局领导交办的其他事宜。

潮州港办事处：负责港口出入境检验检疫工作。

        三饶检验检疫办公室：负责三饶片区进出口产品检验监管工作。

综合技术服务中心：负责后勤保障、技术咨询、卫生除害处理等工作。